Master Bioinformatique
BAC +5 (niveau 7) Faculté des Sciences Français, Anglais

Une formation solide et interdisciplinaire, à l'interface de la biologie et de l'informatique, dotant les étudiants de compétences indispensables pour proposer des solutions innovantes afin de traiter des projets en relation avec la bioinformatique et les plates-formes en biologie.

La formation en chiffres

Un programme d'excellence reconnu pour ses résultats et son insertion professionnelle.

Taux de réussite

94%

sur l'année de diplômante 2020-2021

92%

Taux d'insertion professionnelle

2 ans

M1 + M2 · 120 ECTS

Approche par projets

Compétences pratiques très appréciées par les professionnels

3 domaines couverts

Omiques, Structurale, Systémique

Domaines

Science Technologie Informatique Santé Biologie

Présentation

Le M1 Biologie Informatique-Ingénieur de Plate-forme en Biologie est une formation solide et interdisciplinaire, à l'interface de la biologie et de l'informatique, dotant les étudiants de compétences indispensables pour proposer des solutions innovantes afin de traiter des projets en relation avec la bioinformatique et les plates-formes en biologie.

La double compétence apportée par le M1 BI-IPFB répond aux besoins actuels des recruteurs et constitue le socle indispensable aux deux parcours de Master 2, M2 BI et M2 IPFB.

Le parcours Biologie-Informatique vise à approfondir les connaissances en bioinformatique, programmation, méthodologie, traitement des données, acquises à l'issue d'un M1. Il est l'un des rares parcours à couvrir les trois grands domaines de la bioinformatique : la Bioinformatique des Omiques (génomique, transcriptomique, protéomique etc.), la Bioinformatique Structurale, la Bioinformatique Systémique. Son approche pédagogique originale par « projets » renforce les compétences pratiques des étudiants, très appréciées par les professionnels.

Au niveau du M2, les compétences sont progressivement renforcées à travers des projets tutorés menés de manière collective ou individuelle. Ceci permet en effet de mettre l'étudiant en situation face à une problématique à résoudre. Ces projets comporteront des aspects techniques (programmation d'outils) mais devront mettre en avant les capacités organisationnelles (gestion de projets, hiérarchisation et répartition de tâches), d'analyse et de synthèse des étudiants.

En M2, l'orientation devient plus spécialisée sur des problématiques biologiques de pointe (Bioinformatique génomique, bioinformatique structurale, biologie systémique et protéomique) avec un renforcement méthodologique important.

Graduate School Antimicrobial Resistance

Formation pluridisciplinaire axée sur la recherche des résistances aux antimicrobiens.

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Graduate School Translational Bioinformatics

Techniques avancées de la bio-informatique pour relever les nouveaux défis de la santé et de la médecine personnalisée.

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Objectifs

Former des bioinformaticiens maîtrisant les méthodes actuelles de la bioinformatique mais aussi capables de développer de nouvelles approches et les mettre en œuvre grâce à de solides compétences en programmation et sciences des données.

  • Comprendre une problématique biologique et maîtriser des technologies d'exploration du vivant produisant des données massives
  • Utiliser et développer des méthodes et outils logiciels dédiés à l'exploration informatique des données du vivant
  • Aptitude à communiquer
  • Maîtrise de l'anglais

Compétences visées

Compétences disciplinaires

  • Maîtrise des méthodes de la bioinformatique
  • Maîtrise des principaux concepts de la biologie moderne
  • Développement d'outils logiciels et bases de données dédiés à l'exploitation des données du vivant
  • Conception et réalisation de projets dans les 3 secteurs de la bioinformatique
  • Coordination de tâches en concertation avec les biologistes

Compétences transversales

  • Expression en anglais et langage scientifique
  • Maîtrise des supports écrits et oraux de communication
  • Sens de l'organisation, de la rigueur et de la méthode
  • Capacité de synthèse et d'interaction avec des publics de compétences variées

Programme

Le Master se déroule sur deux années (M1 et M2) et repose sur une approche par projets permettant aux étudiants d'acquérir des compétences pratiques en bioinformatique.

M1

Master 1

Semestre 1

Mise à niveau

Bases de Unix et R (25h si nécessaire)

Fondamentaux

Biochimie · Biostatistiques et programmation R ou Projet tuteuré en biostatistique et R

Programmation et outils Mathématiques

2 ou 3 UE à choisir parmi : Optimisation et apprentissage en biologie, Programmation Python 1 ou 2, Algorithmique 1 ou 2, Mathématiques 1, Projets tuteurés 1 ou 2, UE libre ou choix majeure informatique

Pratique et approfondissement

Anglais · Stage 1 et préparation tuteurée, Stage 2, Projet tuteuré, Programmation avancée, Bases de données, UE majeure biologie

Orientation thématique I

Biologie innovante et Bio-informatique de base

Semestre 2

Fondamentaux avancés

Analyse de données massives · Biophysique des interactions

Orientation thématique II

5 ou 6 enseignements à choisir parmi : Bioinformatique structurale, Dynamique des macromolécules, Omiques 1, Interactions moléculaires dans les milieux biologiques, Traitement du signal, Programmation web, Traitement d'images, Stabilité des génomes et des épigénomes, Projets tuteurés Rosalind, Génétique des Populations, Génomique et évolution bactérienne et virale, UE à choix majeure informatique

UE Professionnalisation I

Stage 4

M2

Master 2

Semestre 3 (274 h)

Programmation et Gestion de Projets

30 h

Apprentissage, IA et Optimisation (AIAO)

30 h · 2 choix selon niveau

Applications et Projets Omiques

92 h · 2 choix parmi : Biophysique des technologies omiques, Bioinformatique de la génomique, Bioinformatique de la métagénomique, Biologie des plates-formes en biologie, Physique optique, Production et gestion des Big Data en biologie, Omiques niveau 2

Bioinformatique structurale 2

52 h

Projets Tuteurés et Spécialisation 1

50 h · Au choix : Bioinformatique intégrative et systémique, ou Omique 2

Restitution Projet Entreprise

20 h

Semestre 4 (160 h)

Conception et Gestion d'un Projet de Recherche

60 h

Projets Tuteurés et Spécialisation 2

90 h · Au choix : Projets tutorés spécialisés en bioinformatique, Omiques, Traitement avancé du signal et des images

Restitution Projet Entreprise

10 h

Rythme de la formation

S1 : 3 à 3,5 jours cours + 1,5 à 2 jours stage ou projets tuteurés.
S2 : Janv. à mi-mars cours, mi-mars à juin stage (FI) ou fin août (FA/FP).
M2 : Alternance cours/stage : 1 à 2 mois cours alternés avec 1 à 2 mois stage. À partir de juillet stage. 25 à 30 h par semaine.

Stages et projets tutorés

Outre les stages qui se déroulent en laboratoire ou en entreprise, plusieurs projets tutorés de complexité croissante proposés par des professionnels contribuent à la formation par la pratique.

Les stages peuvent être réalisés au sein du même laboratoire ou dans des laboratoires différents, excepté pour les alternants qui les effectuent dans la même entreprise.

Contrôle des connaissances

Contrôle continu et examen. Le contrôle des connaissances s'effectue sous forme de réalisation de projets, de compte-rendu de travaux pratiques, de synthèse de travaux et d'évaluation des cours en pédagogie inversée.

Pour les alternants, les séjours en entreprise s'effectuent en Novembre, de mi-Janvier à mi-Mars et de Mai à fin Août.

Admission

Recrutement sur dossier et entretien avec le jury d'admission.

M1

Entrée en M1

Public cible

Titulaires de : Licence de Biologie-Informatique, licence de Bioinformatique, licence de biologie / biochimie / biologie moléculaire, licence Sciences de la Vie / du Vivant, Licence Sciences Biomédicales, Licence Informatique, Licence Chimie, Licence Chimie-Physique.

Conditions d'admission

Connaissances fondamentales en Biologie structurale, Biologie moléculaire et cellulaire, Biostatistiques, Bioinformatique et/ou Programmation et Algorithmique.

Dates de candidature

26 février au 24 mars 2024 (dates 2024 données à titre indicatif, susceptibles d'être modifiées : veuillez consulter le site Mon Master pour les informations à jour).

Mon Master
M2

Entrée en M2 BI

Titres requis

  • M1 Informatique-Bioinformatique
  • M1 In Silico Drug Design (ISDD) / Informatique
  • M1 Physique-Chimie avec fort intérêt pour les Sciences du Vivant
  • M1 Sciences Biomédicales
  • Titre équivalent à BAC +4 et/ou expérience professionnelle

Pré-requis

Bon niveau en biologie structurale, biologie moléculaire et cellulaire, bioinformatique. Bon niveau en biostatistiques ou très bon niveau en programmation et algorithmique.

Niveau confirmé en français (C1), anglais courant et connaissances de l'anglais scientifique.

Dates de candidature

Les dates de candidature sont publiées sur le portail eCandidat de l'Université Paris Cité. Veuillez vous référer au site officiel pour les dates actualisées.

eCandidat

Validation des acquis

Sur validation des acquis en M1 ou M2 : tout candidat pouvant justifier d'acquis de niveau équivalent dans le cadre de son expérience professionnelle. La remise à niveau effectuée en M1 permet d'accepter des étudiants provenant d'autres formations, pourvu que l'intérêt pour la biologie ou l'informatique soit manifeste.

Droits de scolarité

Les droits d'inscription nationaux sont annuels et fixés par le ministère de l'Enseignement supérieur de la Recherche. Des frais de formation supplémentaires peuvent s'appliquer au public de formation professionnelle. Plus d'informations.

Et après ?

Insertion professionnelle et débouchés du Master Bioinformatique.

92%

Taux d'insertion professionnelle

Diplômés 2019, 30 mois après

100%

Cadres et professions intermédiaires

100%

Emplois à plein temps

100%

Adéquation avec la formation

Insertion professionnelle

  • Taux d'insertion : 80 % à 2 mois, 100 % à 6 mois
  • Salaire d'embauche annuel : ~ 24 000 €
  • 1/3 CDI, 1/3 CDD, 100 % Cadres
  • Effectif des diplômés : 22 · Répondants : 16 (73 %)

Débouchés professionnels

Métiers

Bioinformaticien, Ingénieur en bioinformatique, développeur d'application Web ou logiciels dédiés à la bioinformatique, chef de projets recherche et développement en bioinformatique.

Entreprises & organismes d'accueil

  • • Entreprises pharmaceutiques, de biotechnologie, agroalimentaires
  • • Fonction publique (CNRS, INSERM, INRAE, CEA, milieux hospitaliers…)
  • • Entreprises SS2I
  • • Grands groupes industriels (EDF, Dassault-Systèmes…)

Référentiel ROME

Conseil et maîtrise d'ouvrage en SI Intervention technique en R&D Laboratoire d'analyse industrielle Management et ingénierie qualité Administration de SI Études et développement informatique Recherche en sciences du vivant